Το Ειδικό Μαθησιακό πρόγραμμα αποσκοπεί στην αποκατάσταση και θεραπεία παιδιών με μαθησιακές δυσκολίες. Σύμφωνα με τον ευρέως αποδεκτό από την επιστημονική κοινότητα ορισμό:

«Οι Μαθησιακές δυσκολίες είναι ένας γενικός όρος που αναφέρεται σε μια ανομοιογενή ομάδα διαταραχών οι οποίες εκδηλώνονται με σημαντικές δυσκολίες στην κατάκτηση και χρήση ικανοτήτων ακρόασης, ομιλίας, ανάγνωσης, γραφής, συλλογισμού ή μαθηματικών ικανοτήτων. Οι διαταραχές αυτές είναι ενδογενείς στο άτομο και αποδίδονται σε δυσλειτουργία του κεντρικού νευρικού συστήματος-είναι μάλιστα δυνατό να υπάρχουν σε όλη τη διάρκεια της ζωής. Με τις Μαθησιακές δυσκολίες μπορεί να συνυπάρχουν προβλήματα σε συμπεριφορές, στο συναίσθημα, στην κοινωνική αντίληψη και κοινωνική αλληλεπίδραση.»

Τα κυριότερα και τα πιο εμφανή συμπτώματα αφορούν στην Ανάγνωση, Γραφή, Ορθογραφία και Μαθηματική σκέψη.

Τόσο ο τρόπος με τον οποίο εκδηλώνονται όσο και η πιθανή αιτιολογία των Μαθησιακών Δυσκολιών εμφανίζονται ιδιαίτερα διαφοροποιημένα, σε βαθμό που είναι δύσκολο να εντοπιστούν κάποια κοινά χαρακτηριστικά για όλα τα παιδιά με Μαθησιακές Δυσκολίες.

• Διαταραχές της προσοχής - Δεν μπορούν να συγκεντρώσουν την προσοχή τους για ικανοποιητικό χρονικό διάστημα σε μια δραστηριότητα και ίσως αντιδρούν παρορμητικά.
• Διαταραχές μνήμης-Μικρή έκταση και διάρκεια ακουστικής και οπτικής μνήμης.
• Δυσκολίες οπτικής αντίληψης-επεξεργασία των συμβόλων γραμμάτων και αριθμών (π.χ. 3-ε).
• Δυσκολίες ακουστικής αντίληψης-μπερδεύουν ήχους που μοιάζουν π.χ. β-φ, δ-θ
• Διαταραχές στον οπτικοκινητικό συντονισμό-συντονισμός ματιού-χεριού π.χ. αντιγράφουν λάθος από τον πίνακα.
• Δυσκολίες στον Προσανατολισμό, στην αίσθηση του Χώρου και του Χρόνου.
• Δυσκολίες οργάνωσης-Δεν οργανώνουν καλά τη μελέτη τους, την εργασία τους, τον προσωπικό τους χώρο. Μπορεί να είναι ακατάστατα ή αδέξια.
• Δυσκολίες στην αντίληψη της διαδοχής και αλληλουχίας.
• Δεν δείχνουν ενδιαφέρον για τα βιβλία και οτιδήποτε στο οποίο χρησιμοποιείται ο γραπτός λόγος.

Ενώ το Ειδικό Μαθησιακό πρόγραμμα αφορά αμιγώς σε μαθησιακούς στόχους (όσο αυτό μπορούμε να το πούμε μιας και ταυτόχρονα ενισχύουμε την αυτοεικόνα του παιδιού), το Ψυχο-παιδαγωγικό πρόγραμμα στοχεύει παράλληλα στην ενίσχυση του συναισθήματος, της βελτίωσης συμπεριφοράς και κοινωνικής αλληλεπίδρασης του παιδιού, τα οποία έχουν θιγεί λόγω των μαθησιακών δυσκολιών που αντιμετωπίζει.

Σημαντικό ρόλο στην κατάρτιση του προγράμματος αποκατάστασης παίζει η διαγνωστική διαδικασία και τα συμπεράσματα που προκύπτουν από αυτήν. Η διαδικασία αυτή είναι έργο διεπιστημονικής ομάδας, η οποία αποτελείται από τον παιδοψυχίατρο, τον ειδικό παιδαγωγό ή ψυχοπαιδαγωγό και κάποιες φορές από το λογοθεραπευτή. Επίσης, λαμβάνεται υπόψη το οικογενειακό-ιατρικό, καθώς και το εκπαιδευτικό ιστορικό του παιδιού.  Όλα αυτά συμβάλλουν στο να δημιουργηθεί ένα εξατομικευμένο πρόγραμμα αποκατάστασης.